胎兒缺氧可引起群體反射，排出胎糞，并出現真性呼吸，將胎糞羊水角化細胞一齊吸入，稠厚胎糞多量吸入可致完全性氣管阻塞、肺不張、急性窒息缺氧。稀薄的胎糞羊水或吸入量不多，則可導致部分阻塞，引起亞節段性肺不張、阻塞性肺氣腫，若肺泡破裂可致間質氣腫或氣胸。當氣體沿血管壁和淋巴管擴散到縱隔可引起縱隔氣腫。
胎糞羊水刺激呼吸道粘膜或繼發感染可導致肺炎。進入康復期后，吸入物被吸收或吞噬，嚴重病例形成纖維化，出現肺氣腫等病變。
出生時胎糞污染全身，若胎兒浸在胎糞羊水中4～6小時，指趾甲可染呈黃綠色，10～12小時者臍帶、胎脂、胎盤羊膜均可染呈胎糞色。新生兒呼吸受到嚴重抑制，出現心動過緩、肌張力低及休克。有自主呼吸后可見呼吸急促，漸至呼吸困難、肋間凹陷及呼氣呻吟、皮色發紺。如青紫嚴重，吸氧無好轉者，應考慮合并新生兒持續肺動脈高壓。肺部體征與吸入胎糞多少和厚薄有關。若有氣胸，兩側呼吸動作、呼吸音可以不對稱。
嚴重窒息缺氧時引起心血管適應障礙，右向左分流，巨心伴末梢循環充血不良，偶可出現抽搐。血氣發析顯示PO2降低，Pco2升高及pH降低。重癥病例在生后數分鐘至數小時死亡，幸存者病程遷延。一般病例2天內明顯好轉，10天或更長時間后完全康復，輕型病例可生后數小時后才出現呼吸困難，經X線檢查稍有肺紋理增粗、輕度肺氣腫、膈肌輕度下降。對胎糞吸入較多者兩肺可有密集斑片狀或結節狀浸潤，肺過分膨脹，偶有胸腔少量積液，間質性肺氣腫，縱膈積氣或氣胸。
