新生兒肝炎所致風疹或巨細胞病毒有可能發展為一種腦感染，可能導致智力遲鈍或腦癱。
這些嬰兒當中的許多也將因為肝病破壞引起永久性的肝細胞損傷，導致疤痕(肝硬化)。
多數嬰兒巨細胞病毒性肝炎將會痊愈，很少或者根本沒有疤痕。對肝臟來說，隨著膽汁流動的改善，它的成長也會逐漸正常。然而，大約20%的嬰兒因為受到肝炎的影響，將繼續以發展為慢性(進行性)肝病和肝硬化。這些兒童的肝臟將會因為疤痕而變硬，而且六個月以下大的嬰兒的黃疸會不消退，最終符合這些癥狀的嬰兒將需要進行肝臟移植。
小兒慢性肝炎新生兒由于缺乏膽汁將無法消化脂肪，吸收脂溶性維生素(A，D和E及K)，并且伴有肝細胞損傷。缺乏維生素D會導致骨質疏松與軟骨發育不良(佝僂病)。缺乏維生素A會影響正常生長和視力。維生素K缺乏會有易青紫及出血傾向，而缺乏維生素E會導致嬰兒協調性變差。由于膽汁負責消除在體內的許多毒素，所以新生兒慢性肝炎也有可能導致血液中積聚毒素，從而導致瘙癢，皮疹和過敏。
亦可并發肝昏迷、高膽紅素血癥、低鈣性抽搐、出血、腹瀉、干眼病等疾病。
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