一、癥狀
沙眼衣原體多數情況下感染眼、鼻咽部、子宮頸、尿道及直腸黏膜等部位。沙眼衣原體在孕婦可累及子宮頸的柱狀上皮細胞，很少累及陰道鱗狀上皮細胞，還可逆行感染子宮內膜，損傷胚胎，可造成死產、早產、胎膜早破等。新生兒在通過感染衣原體的母親產道時，可感染衣原體引起結膜炎和肺炎。
1.結膜炎
受感染的新生兒，約30% ～ 50% 會患結膜炎。
癥狀：
大約于出生后5 ～ 14 天發病，有的可在出生后2 天左右發病。
通常先從一只眼睛開始，眼睛里有黏性分泌物，翻看眼瞼能看到充血腫脹。
2.肺炎
受感染的新生兒，約10% ～ 20% 會發生肺炎。
癥狀：
大約于出生后1 ～ 3 個月發病，表現為咳嗽、鼻塞、氣促，有時伴發熱癥狀。
3.鼻咽部感染
衣原體侵入肺部是經由鼻淚管到鼻咽部，繼而到肺的，因此鼻咽部也會有不同程度的感染。
癥狀： 表現為咳嗽、鼻塞，有時寶寶會因為咽喉疼痛而哭鬧。
4.其他 其他部位的感染，如陰道、直腸的感染癥狀，多隱匿而不易察覺。
根據病史、臨床表現及實驗室檢查做出診斷。實驗室診斷可取鼻咽部、氣管抽吸液及肺活檢標本作衣原體培養、抗原檢測和PCR檢測。如實驗室檢查條件有限，可根據可疑臨床表現，結合胸片、血嗜酸性粒細胞計數、血清IgG、IgM檢查;必要時做細菌培養以排除其他感染，即可做出本病的診斷。
