根據臨床表現，結合病理檢查，鄧可確診，但應與增殖型肛門結核、生殖器癌、生殖器鮑文樣丘疹病相鑒別。
由于疣的種類不同，臨床表現各異：
扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的損害，表面光滑，色淺褐或正常皮色。
傳染性軟疣初起為米粒大、半球形丘疹，中心有小白點，逐漸增至如綠豆大，境界明顯，質硬，中心凹陷似臍窩，呈灰白、乳白、微紅或正常皮色，表面光滑。損害數目不定，少數散在，或數個簇集，不想融合，可擠出白色乳酪樣物。
尋常疣初起為米粒大小，微黃色角化性丘疹，中央可見一針頭小紅點，逐漸增至綠豆大小，圓形或多角形乳頭狀隆起，境界明顯，質硬，表面粗糙呈刺狀，灰白，污染或污褐色。初發常為1個，長期不變或不斷增多，鄰近者互相融合，有時可自身接種。
尖銳濕疣詳見性傳播疾病
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