陰莖刺痛在臨床醫學上是十分普遍的一種病癥，能夠由非衣原體尿道炎造成。尿道炎主要是因為衣原體支原體感染造成的，這歸屬于一種生殖道感染，根據不干凈的的性生活相互之間感染，身體的尿道口粘膜是衣原體支原體優良的寄主。他們在尿道口黏膜造成炎癥介質，導致小便時陰莖刺痛，尿道分泌物增加，一般醫治上需要采用比較敏感的抗生素。例如鹽酸多西環素等。

男性生殖器出現刺疼，可能為男性生殖器自身變病，如生殖器皰疹或皮膚皰疹，也可能是由于尿道口變病造成部分疼痛，建議到醫院門診進一步查驗確立實際的原因。假如男性生殖器皮膚或是陰莖龜頭位置發生殖器皰疹，則能夠出現顯著疼痛，伴隨男性生殖器皮膚外型改變，如皮膚紅癢或是出現皰疹樣改變，部分破潰或是伴隨亞急性外滲、龜頭發紅等，需要確立有關發病原因后應用口服藥或是外抹藥品開展用藥治療。

如果是尿道口病癥，如尿道炎、尿道結石，也會出現男性生殖器的亞急性疼痛，特別是在在排尿時疼痛主要表現較為顯著，建議進一步取材尿里做常規體檢和尿里塑造等，清除有沒有尿道口感染。應當行泌尿生殖系統B超清除有沒有結石，必要時需要開展局麻下尿道鏡查驗，掌握尿道口內是不是存有別的特性的病癥。

陰莖刺痛就是指產生于男性生殖器位置的扎針樣疼痛，可中斷出現，也可自主減輕。包含男性生殖器體及陰莖龜頭位置的刺疼和男性生殖器部尿道口的刺疼不適感。1.男性生殖器體及陰莖龜頭位置的刺疼，一般是因為別的位置的變病傳輸而導致，如漫性前列腺炎時，骨盆位置的疼痛可沿男性生殖器放射性到陰莖龜頭處。2.尿道炎癥，可造成尿道口黏膜血腫水腫，合拼淺部的黏膜糜亂，因為尿里的刺激性，造成部分刺疼不適感。