陰莖上發生潰瘍的常見病變是陰莖龜頭炎或包皮炎，表現為局部組織糜爛、紅腫和疼痛，并有膿性滲出物，但只要及時治療，一般病情很快便能控制。如果潰爛經久不愈，而且用各種藥物治療后也不見效，則應立即到醫院檢查，是否患有陰莖癌。
陰莖損傷并非常見，可依其損傷部位、程度以及解剖病理學進行分類。一般按有無皮膚損傷，分為閉合性損傷和開放性損傷。所謂陰莖離斷傷是指包括陰莖皮膚、皮下組織、陰莖海綿體和尿道海綿體的離斷，分完全型和不完全型兩種。陰莖離斷后，因失血較多，患者面色蒼白、四肢冰涼、血壓下降，出現休克。離斷陰莖殘端明顯出血，且不易止血。離斷遠端如為外傷或動物咬傷則創面不整齊，挫傷明顯;刀剪切割傷，則創面整齊，再植易于成活。
陰莖硬結癥的病情可以是輕微、中度或嚴重，而病徵可以是慢慢出現或一夜之間發生。陰莖硬結癥常見的病徵包括:1.陰莖上出現可能是無痛的硬斑塊2.陰莖彎曲3出現在陰莖上側的硬塊會令到陰莖向上彎曲(這是較常見的情況)，而出現在陰莖下側的硬塊會令到陰莖向下彎曲。3.有些患者的硬塊會同時出現在陰莖的上側和下側，并使陰莖縮短和變形。4.陰莖勃起時感到不舒服或疼痛。5.勃起功能障礙。
反復生殖器潰瘍：由醫師觀察到或患者肯定訴說生殖器有阿弗他潰瘍或疤痛，尤其是男性。復發性外陰潰瘍經醫師確診或患者本人確有把握的外陰潰瘍或瘢痕。(
對于包莖，應早期作包皮環切術，是預防陰莖癌的主要措施。包皮過長要經常翻轉清洗，如經常發炎，也要施行包皮環切術。
