本病的主要表現是在腦發育完成后，腦的重量明顯輕于正常，腦回過小或根本無腦回。大腦的發育明顯遲緩，甚至在嬰兒第3～5個月時，就停止發育。結果使患兒的頭頂變得小而尖、鼻梁凹陷、耳大、下額后縮、前額狹小而頭圍特小，最大不足42厘米。病兒的前額與枕部平坦，囟門及骨縫提早閉合。體格發育明顯異常，智力發育顯著遲緩。有的患兒甚至出現抽風、四肢僵硬或手足徐動及癱瘓。
嚴重的多動癥與頭小畸形兒的鑒別：頭小畸形兒是指頭較正常小兒低2個標準差別以上，臨床上患兒體力發育和智力發育往往落后，臨床表現為雙手拍大、搓洗、擰絞、步態改變或共濟失調等，需與嚴重多動癥的共濟失調多動癥相區別，而頭小畸形一般智力低下較明顯，且有特殊的頭形，CT檢查可見腦體積小或腦萎縮、腦室及蛛網膜增寬，而嚴重多動癥患兒一般智力正常，雖注意力不集中，活動過度影響學習成績，但智力影響不大，且CT檢查無陽性體征。
有些頭小畸形的腦子雖然小，但形態正常，另一些則有明顯的畸形或伴有擴大的腦室。
病兒頭頂部小而尖，前額狹窄，顱穹窿小，枕部平坦，面部及耳部看起來相對較大，前囟及骨縫閉合過早，可有骨間嵴。
頭小畸形患兒體力發育和智力發育往往落后，但并非所有頭小畸形的患兒均伴有智力低下，大約有7.5%頭圍低于正常2～3個標準差的小兒智力正常。部分患兒合并驚厥和/或腦性癱瘓。CT可見腦萎縮、腦室及蛛網膜下腔增寬，也有僅表現為腦體積小，而其他結構正常。
另一種也可表現為頭小的綜合征，稱之為Rett綜合征。根據1984年維也納國際專題學術會議制訂的診斷標準如下：①女孩發病;②產前及圍產期正常，生后6～18周神經精神及運動發育正常;③出生時頭圍基本正常，生后6個月～4歲進行性發育遲滯而呈小頭;④1歲半～4歲智力逐漸退步，與周圍的聯系減少;⑤1～4歲逐漸失去已獲得的手的技能，出現重復刻板的特異性雙手拍打、搓洗及擰絞動作，伴陣發性過度換氣、咬牙或凝視;⑥行走減少，步態改變或共濟失調;⑦病程中可有穩定期，進而出現癲癇及錐體束征。
考慮康復干預，促進智力發育。至于頭小，如果不是特別需要，一般無能為力，除非狹顱癥等才考慮手術治療。
