自閉癥的并發癥包括但不限于以下幾種情況：
1、癲癇：30%～40%的自閉癥患者伴有癲癇，最常見于5歲以下兒童，主要因小兒神經系統發育不健全、大腦皮質受到刺激產生過度異常放電所致。癲癇發作時，可見患兒不省人事、兩眼緊閉或半睜、眼球上翻、牙關緊閉、口角抽動、頭向后仰、四肢反復屈伸、口唇青紫，持續十幾秒鐘到數分鐘。
2、睡眠障礙：自閉癥兒童的睡眠障礙發病率為40%～86%，均遠高于正常兒童的29%～32%，而且多數患兒在8歲之前就存在睡眠障礙。睡眠障礙時，可見患兒入睡時間超過半個小時，夜間覺醒次數超過2次或凌晨早醒，多噩夢，總睡眠時間少于6小時，次晨感到頭暈、精神不振、嗜睡乏力和煩躁等。
3、智力障礙：20%～30%的自閉癥兒童合并有智力障礙，智商明顯低于同年齡段兒童，從而造成學習困難，理解、抽象概括能力低下，分析綜合能力欠缺，思維簡單等。
4、抽動穢語綜合征：20%左右的自閉癥兒童合并有抽動穢語綜合征，尤其在中度至重度智力障礙兒童中更為常見。該病特征是患兒頻繁擠眼、皺眉、皺鼻子、噘嘴等；繼之聳肩、搖頭、扭頸、喉中不自主發出異常聲音，似清嗓子或干咳聲。少數患兒有控制不住的罵人說臟話行為。
5、焦慮癥：80%以上的自閉癥兒童合并有焦慮癥，尤其年齡越大的患兒越明顯，這可能和患兒年齡越大，更能感受到上學、社交等方面帶來的壓力有關。
6、其他：自閉癥并不是單純的精神性疾病，還常可伴有阿斯伯格綜合征、精神分裂癥、強迫癥、多動癥、腦癱、巨頭癥、肥胖、全身多器官失調等疾病。
