先天性畸形病因：
1.遺傳因素
遺傳因素形態發生是受遺傳因素控制的，先天畸形的發生絕大多數與遺傳有關，如染色體畸變、單基因遺傳、多基因遺傳等。
2.環境
環境中的一些物質可以造成胎兒畸形。在分析某個致畸因子的致畸風險時，應該考慮該致畸因子的作用強弱、劑量大小、持續時間、孕母的遺傳背景以及當時的孕齡等。常見的致畸因子有：
1)輻射：
其中離子電磁輻射有較強的致畸作用，包括α、β、γ和X射線，其致畸作用與各射線的穿透力有關。日常，人們都或多或少地接觸射線，有的人還因居住環境或職業關系可能接觸更多的射線，但對其致畸作用要具體分析。非電離性輻射，包括短波、微波及紫外線等，其致畸作用較弱。其中紫外線對DNA修復機制有缺陷的患者是一種致突變因子。
2)X線：
一般說，診斷性X線檢查，對胎兒的危害不大，但也與照射部位有關，例如膽囊造影只使胎兒接受0.000006Sv(注：Sv是劑量當量單位，1Sv=100rem);而鈉灌腸造影檢查，由于直接照射骨盆，則可使胎兒接受0.0035Sv。另外，治療劑量要大得多。治療腦腫瘤、乳腺癌(單側)均可使胎兒接受0.09Sv，治療肺癌可接受0.25Sv。所以，用于治療的X線有致畸的危險。
3)同位素：
各種組織對不同的同位素吸收量不同，例如口服5mci的131I，甲狀腺可接受100Sv，而性腺只有0.12Sv;口服4mci 32P，有1.0Sv進入骨髓、肝、脾，而其他部位則不過0.1Sv。另外，胎兒對同位素的吸收程度還與胎齡有關，例如胎兒在第10周，從循環中結合的碘比母親甲狀腺結合的還要多。因此孕婦必須用放射性碘進行診斷時，應在胎齡第5～6周之前進行，即在胎兒甲狀腺分化之前完成。
X線、同位素、還有其他外源性離子輻射對分裂細胞的影響，包括殺傷細胞、抑制有絲分裂、改變細胞的正常遷移和彼此聯系，以及造成染色體畸變和基因突變等。植入前期，大劑量照射可導致胚胎死亡，這是由于致死性染色體畸變或細胞分化受損所致。胚胎兩周后的任何時期接受超過1.0Sv的射線，均可造成器官畸形或生長受阻，其中以中樞神經系統最為敏感，0.25Sv時就可發生小頭畸形，智力低下，有實驗證明，不伴有神經系統導常的其他畸形，則可謂并非由輻射引起，此劑量目前為大多數所接受的致畸劑量標準，胎兒接受0.25Sv以上的照射，有致畸危險。美國學者大多數以0.1Sv作為閾值來推斷致畸危險。有時盡管不發生畸形，但輕微的損傷可引起智商降低，將來癌變也很難排除與輻射的關系。
3.病毒和感染可致畸
病毒感染有風疹、巨細胞病毒感染、水痘及單純皰疹B。其他病毒感染的致畸問題，目前尚無足夠的證據。畸形兒是否與感染有關，可通過檢查IgM來判定，受感染的新生兒IgM上升。也可進行病原基因檢測。
1)風疹：
前四周受感染，致畸危險為61%，5～8周時為26%，9～10周時為6%。風疹綜合征的畸形包括眼、耳、心、造血系統、中樞神經系統、肺、肝和骨。神經系統損傷如小頭、智力低下，眼的缺陷方面有視網膜病變、白內障、青光眼、小眼球等。
2)水痘：
致畸危害只是在胚胎前16周或產前4天之內發生。前16周感染，可致畸，包括眼的缺陷如白內障、小眼球、視神經萎縮以及腦損傷和肢體發育不全等。分娩前4天孕婦感染水痘，有20%的新生兒死亡。
3)巨細胞病毒感染：
大約有10%的感染胎兒出現神經系統損傷。可有智力減低、耳聾。還可有低出生體重、小頭、肝脾腫大及血小板減少性紫癜、視神經萎縮等。進行病毒分離和尿中脫落細胞查找病毒包涵體，均可證明感染的存在。
4)弓形蟲感染：
主要表現為眼的疾患，90%有脈絡膜炎，50%～60%有癲癇、小頭和腦積水。即使感染得到控制，也常遺留眼或腦的損害。
4.化學藥物
苯妥英鈉可致成輕、中度生長發育及智力障礙。妊娠期服用此藥，胎兒致畸危險為1/10～1/3。三甲雙酮(抗癲癇藥)會造成胎兒智力低下、發育緩慢、面部發育不良、唇腭裂、房間隔缺損及兩性畸形。孕婦服用丙酮芐羥香豆素(抗凝劑)，可引起胎兒軟骨發育不良，多表現為低出生體重及智力低下，中樞神經系統有異常。早孕婦女服用此藥，胎兒約1/3發生畸形。氨基蝶呤(抗葉酸劑)，曾被用于進行人工流產，未流產者可造成胎兒多發畸形，其衍生物氨甲蝶呤有同樣致畸作用。在抗生素藥物方面，四環素可與骨鹽形成復合物，使牙變色;鏈霉素可致胎兒耳聾。激素方面，雄激素去甲睪丸酮衍生物用于避孕，可使女胎男性化，對男胎無不利影響;雌激素復合物氯菧酚胺可致畸，使非整倍體增加，可出現椎骨、心臟、肢體的畸形;皮質激素有誘發缺肢、先天性心臟病的報道;胰島素可使神經管缺陷增多，還可造成先天性心臟病和肢體缺陷。
