一、發病原因：
1.缺乏確切的病因，是造成認識IBD發病機制上的差距。目前一致認為兩病的發病涉及免疫異常，屬于自身免疫性疾病，或變態反應及遺傳因素有關。感染、神經精神因素等在發病中的地位尚難肯定。
二、發病機制：
1.公認的觀點是IBD存在著“免疫負調節(down regulation)”障礙，通過影響胃腸道區分外來的和自身抗原的能力，和(或)影響胃腸道黏膜免疫反應障礙致病。研究證實，病人血清中存在抗結腸抗體，對自體和同種結腸上皮細胞出現反應。約半數患者血清中存在著抗大腸抗體或循環免疫復合物(CIC)，當患者耐受性降低時，引起結腸黏膜損害。病人循環的淋巴細胞對自體或同種胎兒結腸上皮有細胞毒作用，激活K細胞釋放淋巴因子，起到殺傷作用。兩病多有腸外損害，如關節炎、葡萄膜炎，用糖皮質激素可緩解病情。這些都說明IBD的發生可和自身免疫反應有關。
2.在IBD活動期，病變腸黏膜組織中嗜酸性細胞增多，肥大細胞顆粒及組胺升高，同時激活內皮細胞的激肽釋放酶-激肽系統，發生微循環改變，引起血管通透性增加，腸壁充血水腫，平滑肌痙攣，黏膜發生糜爛與潰瘍等而發病。
3.IBD的臨床表現與病理變化和腸感染性疾病相似，但至今仍未找出致病的病原體。有人提出神經精神因素是IBD的病因或誘發因素，但臨床資料說明IBD有精神異常或創傷史者，并不比一般人群多見。
