1.脊髓壓迫癥：以脊髓后索受壓為主的脊髓壓迫癥，例如頸椎病伴椎管狹窄癥者尤為常見，應根據伴隨肢體傳導術性感覺障礙，椎管腦脊液動力學受阻，蛋白質含量升高以及脊髓MRI可見占位病變或椎間盤突出等予以鑒別。
2.多發性硬化：尤以慢性進展型多發性硬化，可表現為深感覺障礙和進行性痙攣性截癱，可借助血清維生素B12濃度正常，病程中有波動，腦脊液中寡克隆IgG區帶陽性等特點可予以鑒別。若實在難以鑒別時，可作試驗性免疫抑制劑治療、多數多發性硬化病者可有一定良好反應，而亞急性聯合性變性者癥狀可能加重。
3.脊髓癆：屬晚期神經梅毒之一種表現，表現為脊髓后索和后根損害，無錐體束征出現，病人主訴閃電樣神經根疼痛，兩下肢肌腱反射消失、以及可能伴有局部關節腫脹，以及有梅毒感染史和血清學檢查陽性等予以鑒別。
4.周圍神經病：維生素缺乏可同時合并周圍神經病，因此多種維生素缺乏同時有B12缺乏者可在亞急性聯合變性同時合并典型周圍神經病，此為維生素缺乏病，兩者同時并存。某些感覺運動神經病表現典型的深感覺障礙，但伴隨末梢型感覺減退，腱反射消失或減退，但血清維生素B12水平正常和無巨紅細胞貧血及營養障礙等可予以鑒別。
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