根據患者的病史特點、臨床表現、結合X線胸片上的影像，肺炎的診斷一般并不困難，但最后確診還需排除肺部其他非炎癥類疾病，尤其是要首先除外結核和腫瘤類疾病。這是因為肺結核和肺部腫瘤都是臨床上常見的疾病，在X線胸片上都可以表現為炎癥樣浸潤陰影或同時并存有炎癥表現，極易混淆，另一方面，肺部腫瘤，尤其是肺癌的早期診斷關系到病人的生命安危，而肺結核的診斷一經確立，就需要有計劃的長期抗結核治療，因而肺炎、肺結核和肺癌三者既常見易相互混淆，又在治療和預后方面各自截然不同，故臨床醫生責任重大，必須及時審慎地作出鑒別。
1.肺結核 浸潤性肺結核或急性干酪性肺炎的癥狀，體征和X線表現都與一般肺炎很相似，因為它本質上也是一種炎癥。因而在未明確查到致病菌之前，鑒別診斷上甚為困難。主要區別點在于肺結核病人的一般健康狀況大多較差(這主要在急性干酪性肺結核病人時明顯)，病程較長，X線胸片上可顯示病灶的特點為：新舊不一，甚至包含鈣化點，好發于肺的上葉后段和下葉背段，可有播散病灶，X線隨訪，病灶非但不會消散，且可出現新的播散病灶或空洞。臨床上肺炎一般以中下葉多發、陰影密度均勻。當然，以上差異僅供臨床參考，并非絕對，在臨床實際工作中，常常是在積極查找病原體的同時，即先行試驗性抗感染治療，并密切觀察病情和肺部陰影的動態變化。一經查到抗酸桿菌(包括痰涂片和培養)，肺結核的診斷即確立。但臨床上常常有部分病人即便反復查找也難以明確病原體診斷，此時若經普通抗感染治療無效，而臨床上又高度懷疑肺結核，亦可以試驗抗結核治療的有效性來證實肺結核的存在。
2.肺癌 據資料報道，臨床上約有25%的肺癌以肺部炎癥形式出現。早期肺癌或肺癌病灶本身很小而并發阻塞性肺炎時，其X線征象常易與肺炎相混淆。臨床鑒別的要點在于肺癌患者一般年齡較大，常有吸煙史，有刺激性咳嗽和痰中帶血，但毒性癥狀不明顯或與X線表現不相稱。反復從痰脫落細胞中查找癌細胞是經濟、簡便、可靠的無創性診斷方法。X線斷層拍片和胸部CT檢查有助于了解病灶內部的結構特點，在臨床實際工作中最有幫助的則是行纖維支氣管鏡刷檢或活檢后送病理學檢查。在進行有關檢查的同時，也可以用抗生素進行試驗性治療，短期內復查X線胸片，若病灶久不消散，甚至擴大或出現新的炎癥及肺不張，則肺癌的可能性大。不少病人即便經以上方法仍不能排除肺癌的診斷，此時可考慮剖胸探查，以免失去早期診斷肺癌的寶貴時機。
