1.急性腎盂腎炎 亦有腰痛、發熱以及尿頻、尿急、尿痛癥狀，與腎、膀胱阿米巴病的癥狀相似。但本病為女性常見病，既往無阿米巴痢疾和肝膿腫病史。無米湯樣尿或果醬樣尿癥狀，腰腹部未觸及腫塊。尿沉渣涂片及細菌培養均為致病細菌，而無阿米巴滋養體發現。
2.膿腎 主要表現為反復發作的腰痛，常伴尿頻、尿急、尿痛，有時有膿尿。尿常規檢查有大量膿細胞，尿液培養陽性，但無果醬樣尿。尿中亦無腐肉樣組織，尿液和膿腫穿刺抽出膿液中無阿米巴滋養體或包囊。可與腎阿米巴病鑒別。
3.腎結核 也表現為反復的尿頻、尿急、膿尿、血尿伴有低熱和消瘦，也可有米湯樣尿。但病人常同時有肺結核病史。尿沉渣涂片抗酸染色可發現抗酸桿菌但無果醬樣尿，找不到阿米巴滋養體或包囊，也無腐肉樣組織。IVU可見腎盂腎盞邊緣模糊，有蟲蝕狀改變。紅細胞沉降率(血沉)增加。可與腎阿米巴病鑒別。
4.腎周圍炎和腎周圍膿腫 也表現為發熱、腰痛，腰椎向患側彎曲，肢體活動受限，有時可伴尿頻、尿急、尿痛。與腎、膀胱阿米巴病的癥狀相似。但病人無阿米巴病感染史，無果醬樣尿，尿中亦無腐肉樣組織，膿腫穿刺抽出膿液中無阿米巴滋養體或包囊。
5.腎腫瘤 有時也可表現為發熱、腰痛及肉眼血尿，體檢時可捫及腎臟腫塊。但患者無果醬樣尿，尿中亦無腐肉樣組織，尿液和膿腫穿刺抽出膿液中無阿米巴滋養體或包囊。B超及CT檢查對診斷有幫助。可與腎阿米巴病鑒別。
6.陰莖癌 亦有陰莖頭部潰瘍，且表面有膿血性分泌物，與陰莖阿米巴病的表現相似。但陰莖癌多有包莖或包皮過長，發病早期表現為陰莖頭部丘疹、疣狀物，以后發展為菜花狀，繼而局部糜爛形成潰瘍，活組織檢查可確定診斷。
7.陰莖放線菌病 可見陰莖部多發性潰瘍及血性分泌物，與陰莖阿米巴病有相似之處。但本病陰莖頭潰瘍較表淺，表面肉芽呈紫紅色，邊緣隆起，底部有血清滲出。分泌物鏡檢可發現“硫黃顆粒”。局部活組織檢查可見肉芽腫性結構，有顆粒狀菌塊，但找不到阿米巴滋養體。
8.急性膀胱炎 也表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。但無米湯樣尿、果醬樣尿，尿中也無腐肉樣組織，尿液檢查中找不到阿米巴滋養體及阿米巴包囊。可與腎、膀胱阿米巴病鑒別。
9.膀胱結核 也表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。但病人常有肺或腎結核病史，無果醬樣尿，尿中也無腐肉樣組織。尿液檢查找不到阿米巴包囊。IVU可見腎實質破壞性改變。
