腸套疊的臨床表現因人因病而異，癥狀體征多樣化。診斷時應注意與下列疾病相鑒別。
1.細菌性痢疾 發病急，伴有嘔吐和腹痛，同時大便可帶血而與腸套疊相混淆。但細菌性痢疾大便次數頻繁，含大量黏液和膿血，早期體溫即可高達39℃以上，腹痛不及腸套疊劇烈，腹部無腫塊捫及，大便鏡檢可見大量白細胞和吞噬細胞。而腸套疊大便鏡檢以紅細胞為主。偶爾有腸套疊繼發于菌痢之后，應加以注意。
2.闌尾炎 2歲以下的嬰兒患急性闌尾炎者少見，且闌尾炎一般無血便，其腹部腫塊發生較腸套疊為遲，多在闌尾炎未及時手術形成包裹性闌尾炎或闌尾周圍膿腫。
3.蛔蟲性腸梗阻 病兒多有排蟲史，表現為腹痛、腹脹、嘔吐，有時可吐出蛔蟲。多數可在臍周或右下腹部捫及條索狀或香腸樣腫塊，指壓有高低不平感或有竄動感。X線檢查，平片可在腫塊處見多條蛔蟲影;鋇劑灌腸?？梢娀紫x團在擴張的腸袢內呈典型的面條狀或叢集小圓形充盈缺損。
4.腹型紫癜 表現為腹痛、嘔吐、便血等癥狀。多見于5歲以上兒童。糞便暗紅色或血紅色，腹部有壓痛，但無腫塊，可并發皮疹、關節痛或血尿。值得警惕的是，腹型紫癜由于腸功能紊亂，可并發腸套疊，必要時可做X線檢查加以鑒別。
5.出血壞死性腸炎 臨床上多表現為便血、腹痛、嘔吐。大便呈洗肉水樣，伴特殊腐敗腥臭味，早期即有高熱和全身中毒癥狀。
6急性壞死性腸炎
可表現為腹痛、嘔吐和血便，但該病多有腹瀉史，早期即可表現為腹脹、高熱和頻吐，大便頻繁，呈洗肉水樣，量較多，具有特殊腥臭味，全身情況惡化快，常表現嚴重脫水、皮膚花紋等休克癥狀。
7過敏性紫癜
多見于年長兒，多數有新鮮的出血性皮疹，伴有關節痛，有時伴有血尿。血便多呈暗紅色，腹部觸不到腫塊，這些癥狀有助于與腸套疊鑒別，有時本病可并發腸套疊，應引起注意，必要時應作X線檢查。
8.其他 尚有絞窄性內疝、腸扭轉、結腸息肉等腸道出血性疾病，有時亦可誤診為腸套疊，均可經查體和必要的輔助檢查進行仔細鑒別。
