本病主要需與頜骨腫瘤進行鑒別，鑒別的手段主要依靠影象學的方法：
1、X線平片
頜骨囊腫在X線平片上表現為圓形或卵圓形密度減低區，邊界清楚，邊緣光滑銳利，其內可以是單房或多房。隨著囊液積聚，囊腫具有一定的膨脹性，可引起臨近牙移位，少數可見牙吸收。周圍骨質吸收，囊腔壁為致密白線(骨皮質線)。
頜骨良性腫瘤在X線片上表現為低密度病變，其內可見骨性間隔或纖維間隔，表現為“肥皂泡樣”或“火焰狀”改變。有時在低密度內可見點狀或斑點狀鈣化，呈混合密度。少數在病變區內可見牙齒硬組織密度的影像表現，與正常的骨組織之間有清晰的低密度包膜相間隔。病變侵入周圍軟組織內可使骨皮質連續性中斷。良性非牙源性頜骨腫瘤與身體其他部部位骨腫瘤表現相同。頜骨原發的惡性腫瘤十分少見，其邊界不清呈不規則形或蟲咬狀。其密度可以是低密度如原發性頜骨內癌、骨髓瘤；也可以是混合性密度如骨肉瘤和軟骨肉瘤。病灶內常見腫瘤組織的鈣化，骨皮質中斷。年輕的惡性骨腫瘤患者可見日光放射狀的骨膜反應。
2、計算機X線體層攝影(computed tomography,CT)
CT平掃時，囊腫為圓形或卵圓形，邊緣光滑。囊腫的密度與囊內容物有關，一般有兩種情況：多數表現為低密度，少數為等或高密度。前者與囊腫內容物是液態脂類物質和膽固醇有關，后者與囊內容物是角化物、出血和鈣化有關。增強CT上，囊壁可有輕度強化，囊液無增強。其內可見殘留的牙根或牙齒，可見間隔，骨皮質連續性可有中斷，周圍軟組織內可見膨脹。
頜骨良性腫瘤在CT上多表現為邊界清楚的低密度病灶，常伴有頰舌側骨板的膨脹性中斷。此外，在多房性病變，可見骨性間隔。頜骨惡性腫瘤在CT上多表現為腫瘤鈣化、皮質骨破壞以及軟組織和骨髓內侵犯。目前，CT已成為檢查頜面部病變的常用的方法之一。CT可以準確判斷頜面部腫瘤的大小、位置和侵犯臨近組織的程度。研究表明，當病灶穿破骨皮質侵入鄰近軟組織時，CT對于頜骨囊腫和腫瘤的診斷更有意義。
3、磁共振(Magnetic Resonance Image,MRI)
口腔頜面部MRI檢查具有以下的特點：
(1)對人體沒有放射性危害
(2)軟組織分辨率優于CT；
(3)沒有射線硬化的偽影；
(4)不需靜脈注入對比劑即可鑒別血管和軟組織；
(5)能多平面成像；
(6)可以獲得三維圖像。
MRI能顯示頜骨囊腫和腫瘤侵犯周圍軟組織的情況，T2WI圖像可以準確地反映腫瘤和正常軟組織的邊界。MRI在顯示骨髓改變方面優于CT，有研究表明，在頜骨囊腫和腫瘤侵及骨髓時，MRI上的表現和組織病理檢查的結果非常符合。在T2加權像上，正常骨皮質的低信號為腫瘤的高信號所取代，表明腫瘤侵犯骨皮質。頜骨囊腫和腫瘤內不完全的骨化間隔、粘膜結節可以在MRI上得到顯示。MRI在檢查下頜骨的病灶方面之所以優于CT，主要體現在可同時評價骨皮質和骨髓質的受累情況。
