1.實驗室檢查
(1)血膽紅素增高 以直接膽紅素為主，尿膽紅素陽性，由于膽紅素從膽汁中排出減少，糞膽原及尿膽原均減少。
(2)血清堿性磷酸酶增高 堿性磷酸酶的來源是膽小管上皮，PBC可在臨床癥狀出現之前即有堿性磷酸酶的明顯增高。
(3)血脂增高 特別是磷脂和膽固醇增高最明顯，甘油三酯可正常或中度增高。
(4)肝功能檢查 血清膽酸濃度增加，凝血酶原時間延長，早期注入維生素K后可恢復正常，晚期肝功能衰竭時則不能矯正。血清白蛋白在疾病早、中期正常，晚期則減少；球蛋白增加，主要為α2、β及γ球蛋白增高。
(5)免疫學檢查 抗線粒體抗體的陽性率可達90%～100%，可作為診斷的重要參考。此抗體在慢性活動性肝炎的陽性率為10%～25%，少數隱匿性肝硬化、系統性紅斑狼瘡及類風濕性關節炎也可陽性。1/3患者有抗膽管細胞抗體，少數有抗平滑肌抗體和抗核抗體，1/2類風濕因子陽性。血清IgM可增高。
抗線粒體抗體、堿性磷酸酶、IgM三者并存對PBC有確診意義。
2.膽道造影
可用靜脈法、經皮經肝膽管造影或內鏡逆行膽管造影法，以除外肝外膽道梗阻。
3.肝穿刺活檢
活體病理檢查，有確診價值，但如膽汁淤積嚴重，或有出血傾向應慎重考慮，必要時行剖腹探查并活檢。
