嬰幼兒在胚胎期就可能因母體的感染、飲食、污染的居住環境等原因，導致先天性泌尿系疾病。因此預防先天性泌尿系疾病需要孕媽做好優生優育工作，定期產檢，遠離致畸因素。
此外，先天性泌尿疾病在懷孕的時候可通過產檢發現，比如懷孕七八個月后如果檢查出腎臟積水，那就很可能有這方面的問題。但是，目前的治療主要是出生后才進行，還沒有相關在出生前就進行治療的報道或案例。
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