2001年，為配套廈門經濟特區建設，著力打造廈門市優勢醫療品牌學科，廈門市委市政府會同海外華僑及國際知名學者，成立廈門市心臟中心。
2011年，作為公立醫院改革試點，相對獨立，成為全國公立醫院中首家人事、財務獨立運作管理的醫學中心。
2014年，市委市政府正式決定中心全面獨立，在五緣灣畔建設新址。
2015年，更名為“廈門市心血管病醫院”，是目前福建省**的公立三級心血管病?？漆t院。
2016年，正式更名為“廈門大學附屬心血管病醫院”，“廈門市心臟中心”為第二名稱。
2019年上半年，全院將整體搬遷至五緣灣新址，規劃床位600張，將建設成為華東地區規模**的心血管病?？漆t院。
短短十余年來，醫院作為市委市政府全力打造的優質醫療品牌和廈門市重點民生保障項目，以獨有的“廈門速度”贏得多方贊譽，業已成為海峽西岸最具影響力的復雜、危重心血管疾病診治機構，為全省**的心血管內科國家臨床重點?？疲菄沂着难懿？漆t師規范化培訓基地、衛生部首批心血管病介入診療培訓基地、美國心臟學會專業示范中心、國家胸痛中心四家區域認證中心之一、國家博士后科研工作站、省市院士專家工作站，獲中國醫師獎、福建省科技進步一等獎、廈門市科技重大貢獻獎、最有人情味的醫院等多項榮譽……
醫院力求技術卓越，精于品質提升，成立以來引領區域心血管專業技術創新，先后開展多項填補福建省、廈門市乃至全國、亞太地區空白的新技術、新方法，包括歐洲以外地區首例微創心室折疊減容術、全國首例可吸收支架植入術、福建省首例頸動脈保護傘下支架植入術、福建省首例經導管主動脈瓣置換術（簡稱TAVI手術）、福建省首例經皮室壁瘤降落傘封堵術、福建省首例瓣膜置換術中房顫微波消融、閩西南首例左心耳封堵術等。
敬畏生命，構筑高效救心網絡。2003年醫院在福建省率先開通胸痛綠色通道，全天候24小時開展急診冠狀動脈開通的微創介入治療。2013年成立胸痛中心，啟動“全市覆蓋區域協同胸痛急救網絡”，運行多年來已通過及時介入手術挽救了千余名急性心梗危重患者，服務近萬名胸痛患者。全國人大副委員長陳竺肯定該網絡為“廈門模式”，其成功運行使廈門成為全國區域協同胸痛急救的典范和樣板城市。醫院先后通過中國和美國胸痛中心協會的國內、國際雙認證，并獲批成為全國四家中國胸痛中心區域認證中心之一，承擔華東區域胸痛中心建設的培訓、推進和認證重任，在心肌梗死急救領域處于國內領先地位，榮獲“2016年胸痛中心建設杰出貢獻獎”。
科教并舉，培養國際化的人才隊伍。醫院擁有國家博士后科研工作站、廈門大學醫學院心血管病研究所、省市院士專家工作站等優勢平臺，為提升核心學科競爭力提供了強有力的科研支持，2016年，心內科獲批廈門市醫學領先學科。繼獲福建省**心血管病領域的國家自然科學基金面上項目后，于2016年獲國家自然科學基金—促進海峽兩岸科技合作基金項目資助，實現我省心血管病研究領域在該聯合基金重點項目申報上零的突破。多年來醫院與德國、美國、意大利、加拿大、澳大利亞、新加坡等地的多家世界**心血管醫療機構建立了技術指導合作關系，每年選派**醫護人員前往學習交流。同時加大人才培養力度，成為廈門大學醫學院模塊化教學改革的試點單位，通過筑巢引鳳，打造人才沃土，構筑心血管領域人才高地。
注重人文關懷，全力打造有溫度的醫院。全院推行醫學人文建設，通過系列舉措，醫患關系、護患關系更加和諧，構建起**醫療技術與人文關懷并重的優質服務新局面。醫院熱心公益，十余年愛心接力，積極開辟救助渠道，籌措救助基金，為貧困先心患兒減免醫療費用，為突發心肌梗死貧困患者提供免費醫治，使眾多瀕臨絕境的家庭重獲新生。
海闊憑魚躍，天高任鳥飛。展望未來，一所建筑面積8.6萬平方米，規劃床位600張的新院區正在廈門五緣灣畔崛起，全體“廈心人”將在更廣闊的舞臺上，齊心協力朝著將醫院建成“海西一流、國內先進、與國際接軌”的國家重點大學研究型附屬醫院拼搏奮進。
