肛瘺手術分成低位肛瘺和高位肛瘺，不一樣的手術治療方法所造成的疼痛也是各有不同的。針對低位肛瘺一般部位較為淺，疼痛相對而言較為輕，痛感針對本人疼痛的閥值有一定的影響。高位肛瘺由于手術治療的創口部位較為深，在手術后疼痛相對性于低位肛瘺而言情況嚴重一些。
不論是哪樣手術治療，在手術治療期內，因為打麻醉一般全是能夠承受的，手術治療初期因為割開了肛門外括約肌，疼痛也不是很重，手術后假如也不開展肛瘺掛線摘除術，那麼疼痛都不強烈。但假如干了肛瘺之后的掛線，通常在10到14天上下，掛線割時候覺得十分疼痛，疼痛能夠做到四分到七分。另外，肛瘺手術在中后期的疼痛主要是因為創口感染造成的，這類感染疼痛水平不一樣，因人而異，要是是清理創口，多吃蔬菜新鮮水果，防止吃辛辣食物刺激性的食材種疼痛全是能夠減輕的。
肛瘺手術會依據手術治療的方法挑選不一樣的麻醉方法，但無論哪一種麻醉方法，在手術全過程中病人是不容易覺得疼痛的。手術后麻醉藥物新陳代謝完，疼痛是毫無疑問的，其水平與手術治療方法、手術治療損害的范疇、創口的尺寸、位置，及其患者的心態和承受水平等有關系。此外，如今比較優秀的止痛技術性也可以合理緩解病人手術后的疼痛。
肛瘺割開掛線術一般適用高位肛瘺，高位肛瘺的瘺管經行肛門外括約肌上邊，因此在根據瘺管找尋內口時較為艱難，內口精準定位并不是很精確，手術后就非常容易發作。
