①肛管直腸結腸疾病：最多見為直腸腫瘤及炎癥性疾病，直腸腫瘤浸潤破壞括約肌，潰瘍性結腸炎，克隆病引起直腸炎癥長期腹瀉，完全性直腸脫垂引起肛門松弛，陰部神經牽拉受損等，
②創傷主要是括約肌損傷：最多見的原因是肛管直腸部手術和產傷，尤其是高位肛瘺手術破壞肛管直腸和括約肌，產傷中第三度會陰撕裂。此外，內痔、肛裂、直腸脫垂琢直腸腫瘤等手術處理不當，或肛管部組織遭受外來暴力、藥物注射、灼傷、凍傷等均可引起肛門失禁。
③神經系統疾病：如中樞神經系統疾病，脊柱裂，脊髓脊膜膨出，脊髓及骶神經損傷、感染和脊髓瘤;
④肛門直腸先天畸形和肛門直腸神經障礙均可導致肛門失禁。
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