先天性PAP在新生兒階段很早出現癥狀，并很快導致呼吸衰竭。臨床和X線表現不易與其他新生兒肺臟及心臟疾病區分：如新生兒肺炎、全身的細菌感染、持續的肺動脈高壓、胎糞吸入、嬰兒呼吸窘迫綜合征、肺泡毛細血管發育不良以及先天性心臟病特別是肺靜脈異位引流。鑒別時應注意除外肺水腫、肺纖維化、結節病、肺含鐵血黃素沉著癥、肺真菌病及卡氏肺豬囊尾蚴病等。大多數PAP病人血清中表面活性蛋白升高，但是在特發性肺纖維化、肺炎、肺結核、毛細支氣管炎患者也有輕度升高。
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