從病理學上，慢性咽炎可分為以下5類：
1.慢性單純性咽炎此種類型較常見，表現為咽部黏膜慢性充血。病變主要集中在咽部黏膜層，其血管周圍有較多淋巴組織浸潤，也可見白細胞及漿細胞浸潤。黏膜及黏膜下結締組織增生，可伴有黏液腺肥大，腺體分泌功能亢進，黏液分泌增多且較黏稠。
2.慢性肥厚性咽炎又稱慢性顆粒性咽炎及咽側炎，慢性單純性咽炎遷延不愈可形成慢性肥厚性咽炎，此種類型在臨床中也很常見。咽部黏膜層充血增厚，黏膜及黏膜下有廣泛的結締組織及淋巴組織增生，在黏液腺周圍的淋巴組織增生突起，表現咽后壁多個顆粒狀淋巴濾泡，可呈慢性充血狀，亦可多個淋巴濾泡融合為一體。黏液腺內的炎性滲出物可被封閉其中，在淋巴顆粒隆起的頂部形成囊狀白點，破潰時可見黃白色滲出物。此型慢性咽炎常累及咽側索淋巴組織，使其增生肥厚，呈條索狀。
3.萎縮性及干燥性咽炎臨床中較少見。發病初期黏液腺分泌減少，分泌物稠厚而干燥。繼因黏膜下層慢性炎癥，逐漸發生機化及收縮，壓迫腺體與血管，使腺體分泌減少和營養障礙，致使黏膜及黏膜下層逐漸萎縮變薄。咽后壁上可有干痂或膿痂附著，通常伴有臭味。
4.慢性過敏性咽炎又稱慢性變應性咽炎。為發生于咽部黏膜的由IgE介導的I型變態反應。變應原刺激咽部黏膜，使合成IgM的漿細胞轉化為合成IgE的漿細胞，IgE又附著于肥大細胞、嗜堿性粒細胞表面，使咽部黏膜處于致敏狀態。當相同的變應原再次接觸機體后，變應原與介質細胞表面的IgE結合，導致介質細胞脫顆粒，釋放包括組胺、合成前列腺素等多種炎性介質，可引起毛細血管擴張、血管通透性增加、腺體分泌增多，引起過敏反應。而食物性過敏原主要通過補體C3、C4途徑引起過敏反應。慢性過敏性咽炎多伴發于全身變應性疾病或變應性鼻炎，亦可單獨發病。季節性慢性過敏性咽炎，其癥狀可有季節性變化。如對食物過敏，可在進食致敏性食物后出現慢性咽炎的相關癥狀。
5.慢性反流性咽炎與胃食管反流相關。胃液由于胃食管反流直接損傷咽部黏膜或通過神經反射引起咽部黏膜及黏膜下的慢性炎癥。
病因
急性咽炎的反復發作是導致慢性咽炎的主要原因。
1.咽部鄰近的上呼吸道病變如鼻腔、鼻竇、鼻咽部的慢性炎癥，可因炎性分泌物經后鼻孔倒流至咽部刺激咽部黏膜;慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、慢性鼻竇炎、腺樣體肥大、鼾癥或鼻腔鼻竇及鼻咽部占位性病變等疾病由于影響鼻腔通氣，造成長期張口呼吸，引起咽部黏膜長期過度干燥而導致慢性咽炎;慢性扁桃體炎的慢性炎癥可直接蔓延至咽后壁，引起慢性咽炎;口腔炎癥如果不能得到及時控制，隨著炎癥擴散也可導致慢性咽炎。
2.氣候及地域環境變化溫度、濕度的變化、空氣質量差、煙酒刺激、辛辣刺激性食物、粉塵、有害氣體及放射性照射也是導致慢性咽炎的原因。
3.職業因素長期大量用聲者如教師、歌唱者及易感體質因素亦可引起本病。
4.全身因素如貧血，消化不良，胃食管反流，心臟病(因血液循環障礙影響咽部靜脈回流造成咽部局部淤血)，慢性支氣管炎，支氣管哮喘，風濕病，肝、腎疾病等，也可引發慢性咽炎。內分泌紊亂，自主神經失調，臭鼻桿菌及類白喉桿菌的感染，維生素缺乏及免疫功能紊亂等均與萎縮性及干燥性咽炎相關。
5.過敏因素吸入性過敏原(包括季節性與常年性過敏原)，藥物、工作環境中的化學刺激物及食物過敏原都可以引起變應性咽炎。
